基因转录时，除了RNA聚合酶外，与基因结合而调控转录的各种蛋白质因子。其结构上有DNA结合区与特异DNA部位高亲和结合，其转录激活区则与其他转录因子共同增强转录过程。其中与基因启动子及邻近序列结合者称通用转录因子，决定转录起始位点和方向，维持基础水平转录；另有与上游特异序列结合而增强或抑制基因转录者，称特异转录因子，决定组织的特异性表达。种类很多。