明初在京师和各要害地方皆设卫所，屯驻军队。数府划为一个防区设卫，下设千户所和百户所。大抵五千六百人称卫，一千一百二十人称千户所，一百十二人称百户所；百户所设总旗二（每总旗辖五十人），小旗十（每小旗辖十人）。军士有军籍，世袭为军，以大部分屯田，小部分驻防。军饷的大部分由屯田收入支给。其军官，卫称指挥使，所称千户、百户。各卫所分属于各省的都指挥使司（都司），统由中央的五军都督府分别管辖。至明代中叶，屯田多被军官吞蚀，军士破产散亡，所存无几，又无战斗训练，仅供地主、官僚役使，不能担任防卫，遂改用募兵代替。