亦称“发病机制”、“发病机理”。通常指疾病过程中机体在形态、结构、功能、生物化学等方面的变化及其相互关系。主要内容包括致病因素在疾病过程中的作用、危害机体的原理、致病途径与疾病发生和发展的因果关系，以及机体防病、抗病和恢复健康等规律。它同病因学有密切的关系，两者共同构成疾病概念的基本理论，成为防治和消灭疾病的理论依据。