亦称“随机遗传漂变”，由于取样误差导致基因频率的随机变动。其效应在小群体中尤为显著。由于地理隔离、季节变化等因素导致小群体中某基因的固定或消失与该基因型适应值的大小无关，而是遗传漂变决定该群体的遗传组成。该理论是分子进化中性说的基础。