指生活在土壤中的细菌、放线菌、真菌、藻类和原生动物等。它们各有不同的生活习性，适应不同的土壤环境。通常每克土壤中生存着几千万至几十亿个微生物。各类微生物的生理特性不同，在土壤中进行着与肥力有关的生命活动，促进土壤有机物质的分解和转化。有些土壤微生物则是作物的病原菌。通过各种农业措施，可以促进土壤微生物的有益作用和控制其有害活动，以适应农业生产的需要。