硅藻死后，其以硅质成分为主的细胞壁保存下来形成的化石。发现于世界各地侏罗纪至现代各海、陆相地层中，对地层学尤其对古生态、古气候环境的研究有很大价值。常大量堆积形成硅藻软泥、硅藻土。在化石形成过程中，藻体内分解的脂肪物质是形成石油的原料之一。