携带专一基因、能部分地决定个体性别的染色体。在多数动物中，通常有X和Y两种，其中包含同质和异质两个区域，前者可互相配对交换，后者则否。通常一种性别有一对相同的性染色体，因而产生的配子是相同的。另一性别有两个不同的性染色体，能产生两种不同的配子。由雌雄配子结合产生的后代个体中，两种性别的数目大致相等。雌性哺乳动物的两X之一异染色质化，在上皮细胞核中呈巴氏小体，在多核白血细胞中形成鼓槌；雄性的Y在核内呈强荧光Y小体。由此可以判断个体的性别。