清顺治中置江南、江西、河南三省总督，驻江宁（今南京市），旋改江西总督，移驻南昌，后又改江南总督，复驻江宁。康熙二十一年（1682年）定名两江总督，综治江苏、安徽、江西三省军务、粮饷，后又兼两淮盐政。同治五年（1866年）加五口通商事务，兼南洋通商大臣。