在分子水平上解释进化现象的一种学说。由于遗传密码的简并性，编码一种氨基酸的遗传密码子可以不止一种，即密码子中核苷酸的改变往往不改变编码的氨基酸，也就不会改变基因的蛋白质产物；即使核苷酸的改变最后改变了编码的氨基酸，有时由于同工酶的存在，也可能使最终产生的蛋白质仍保持原有的功能。这样，群体中因基因突变而产生的新的等位基因中将有很大一部分不改变携带者原有的形态、行为和生态等性状，使在基因突变前后仍基本保持相同的或差别很小的适合度，不太会受到有差别的自然选择；因此，对自然选择而言，这些等位基因对携带者既无利也无害，是中性的。群体中这些中性等位基因的频率变化是由于遗传漂变而不是自然选择。中性等位基因彼此间逐步地随机置换，构成了分子进化。