分类地位未定，寄生于一些动物和人肺泡和肺泡壁中的原虫，已确定的虫种为卡氏肺孢子虫(Pneumocystis cari-nii)。多为隐性感染，可能由呼吸道传播。在宿主免疫功能低下时大量繁殖，导致肺孢子虫肺炎，亦称“间质性浆细胞性肺炎”，肺泡内出现典型的泡沫状渗出物，并有大量虫体。常见于先天性免疫缺损的儿童或因白血病、恶性肿瘤、器官移植而使用大量免疫抑制药、抗代谢药、抗生素、放射治疗的病人，常有半数艾滋病人出现肺孢子虫肺炎。