表型相似，位置非常接近的几个突变基因。在互补测验中表现功能等位性，但是可以极低频率通过交换而重组。这样两个突变型（a₁和a₂）在反式结构（a₁＋/＋a₂）中呈突变型表型，在顺式结构（a₁a₂/＋＋）中呈野生型表型。关于拟等位基因有两种解释：（1）突变型a₁和a₂属于同一基因；（2）突变型a₁和a₂属于不同基因；在这种情况下，必须假定第一个基因（a₁+）的产物是第二个基因（a₂+）的作用底物，而且这一产物只能沿着染色体扩散而不能脱离染色体而扩散到同源染色体上。按第一种假设，拟等位基因是一个基因内部不同位点突变的结果；按第二种假设，拟等位基因是功能密切相关的紧密连锁基因。