一些国家的海军舰队司令、编队司令所在的军舰。为便于识别，军舰桅杆上昼间悬挂该级司令旗，夜间悬挂司令灯，故称旗舰。舰上有司令部主要成员，装备有较完善的情报、通信、指挥设备和防空、反潜武器。中国人民解放军海军称指挥舰，不挂司令旗和司令灯。