催化蛋白质水解的酶的总称。种类很多，分布甚广，重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶、组织蛋白酶、木瓜蛋白酶、菠萝蛋白酶、枯草杆菌蛋白酶等。一种蛋白酶只能水解蛋白质中一定的肽键。