清崇德元年(1636年)设立，即内国史院、内秘书院、内弘文院，各设大学士一人。内国史院掌管编纂史书，撰拟表章；内秘书院掌管起草外交文书和敕谕祭文等；内弘文院掌管解释古今政事得失，向皇帝和皇子进讲，并教育诸亲王等。顺治中一度改为内阁及翰林院，旋又改内三院，至康熙九年(1670年)，始复设内阁，另设翰林院，遂为定制。清代内务府所属之机构有上驷院、武备院、奉宸苑，亦称内三院。