聚居在植物根部周围，以根的外渗物质和容易分解的死细胞为主要营养的一群微生物。种类随植物的类别、生长发育阶段和根际土壤性质而异。一般以革兰氏阴性菌居多，亦有一定数量的真菌。通过这些微生物的活动，能增加植物可利用的营养元素，并产生生长刺激物质和抗菌物质或毒素等，直接间接助长或限制植物的生长。在肥料不足的土壤中，根际微生物往往会同植物争夺矿质营养。