原生动物门，肉鞭动物亚门，鞭毛虫总纲。具一根至多根鞭毛。以纵向二分裂进行无性生殖。某些种类发生配子配合的有性生殖。已命名的鞭毛虫其中在淡水、海水中营自由生活的约5 100种，如角鞭毛虫、眼虫、夜光虫等；营寄生生活的约1 800种，如锥体虫等。