一般泛指利用微生物制造工业原料或工业产品的过程。它可在无氧或有氧条件下进行。前者如酒精发酵、乳酸发酵和丙酮丁醇发酵，后者如抗生素发酵、醋酸发酵、氨基酸发酵和维生素发酵等。在微生物能量代谢中，发酵仅指专性厌氧微生物和兼性厌氧微生物在无氧条件下分解各类有机物产生能量的一种方式。如某些酵母菌通过糖酵解途径从分解葡萄糖产生酒精的过程中获得能量。