子代性状由细胞质内的遗传物质所控制的遗传现象。有些以线粒体、叶绿体、动粒、中心粒等细胞器为基础，这些细胞器都具有脱氧核糖核酸成分，在细胞中能复制。在高等动植物中，由于细胞质大多来自母体所产的配子，所以这些性状一般只随母系遗传，表现为正反交不同结果，不符合孟德尔遗传定律。在微生物中表现为正反交不同结果，或遗传因子的结合转移，或杂交子代的不分离现象，或和它相类似的异核体的测验结果等，也称为核外遗传或染色体外遗传。如抗药性质粒的结合转移，便是一种细胞质遗传，它可独立于染色体基因的转移。