亦称“脱氧核糖核酸修饰酶”。与微生物的限制和修饰系统有关的一类酶。它能识别限制性内切酶作用位点的碱基顺序，并把其中某些碱基甲基化。被甲基化了的脱氧核糖核酸（DNA）就不能被限制性内切酶降解。细菌的DNA总是被自身的甲基化酶修饰好的，因此不会被自身的限制性内切酶所降解。