改造蛋白质的结构，使其具有新的特性的一项生物技术。需要有蛋白质化学、蛋白质结晶学、计算机辅助设计等多学科的配合。由于通常是以基因工程技术来改造蛋白质分子的结构，蛋白质工程也为运用基因工程技术获取比天然蛋白质更理想的新型蛋白质创造了条件，故又被称为新一代的基因工程。