某些基因只有一个而不是两个二倍体的个体。这些基因即使是隐性的，也具有表型效应。雄性果蝇的性染色体是XY，对X染色体上的基因来讲，它是半合子。对于缺失部位的基因来讲，染色体缺失杂合子也是半合子。