由原生动物（原虫）寄生于人、畜体内引起的疾病。致病原虫的种类很多，其中以动鞭毛虫纲的锥虫、利什曼虫、毛滴虫、组织滴虫，肉足虫纲的变形虫和孢子虫纲的疟原虫、梨形虫、球虫、弓形虫、肉孢子虫对人畜的危害性最大。