研究发酵及酶反应生产过程中带共性的技术问题和基础理论问题的学科。是20世纪40年代随着青霉素工业的兴起而诞生的。它以化学工程的原理及方法研究含有生物物理或生物化学反应的工业生产中的有关问题，包括培养基及生产设备灭菌；空气除菌；通气搅拌；分批及连续过程中的发酵动力学或酶反应动力学；生物反应器的设计及放大规律；生物产品的大量提取以及反应过程中的参数检测和控制等问题。它是整个生物工程技术开发中的一个不可缺少的环节。