酶催化作用中的反应物。同酶有一定的专一关系，如蛋白酶的底物是蛋白质，葡萄糖氧化酶的底物是葡萄糖，脲酶的底物是脲。底物经酶的作用发生变化，例如脲经脲酶作用产生二氧化碳和氨。