亦称“微体化石”。指需要在显微镜下才能观察研究的、个体微小的古生物，或大生物体某些微小部分的化石。前一类如有孔虫、介形类、放射虫等；后一类如孢子、花粉、轮藻、牙形刺、虫顎等。微化石个体微小，数量多，在钻井岩芯中易于发现，故广泛应用于地层的划分和对比，在石油勘探等工作中尤为重要。